Административно-управленческий персонал
Научные подразделения
Отдел патологической морфологии
1. Центральная патологоанатомическая лаборатория
2. Лаборатория иммуноморфологии воспаления
3. Лаборатория патологии репродукции
4. Лаборатория инфекционной патологии и молекулярной микроэкологии
5. Лаборатория клинической морфологии
Отдел функциональной морфологии
6. Лаборатория нейроморфологии
7. Лаборатория патологии клетки
8. Группа информатики и морфометрии
Отдел эмбриологии
9. Лаборатория роста и развития
10. Лаборатория развития нервной системы
11. Лаборатория развития эндокринной системы
Научно-вспомогательные подразделения
1. Научно-организационный отдел
2. Учебный отдел
3. Музейный отдел
4. Научная библиотека
5. Экспериментально-биологическая клиника подопытных животных
Административно-хозяйственный отдел.
1. Административно-техническая служба
2. Прочий персонал
Структура рассмотрена и утверждена на Ученом совете ФГБНУ «НИИ морфологии человека» 25 января 2017 года протокол № 1.